After Effects utilise un système d'empilement de calque pour créer une composition animée à partir de différentes sources d'images. On retrouve ce principe d'empilement de calque dans la majorité des logiciels de créations graphiques. Par cet aspect, il est proche de Photoshop, mais propose en outre des modification des calques animables dans le temps, et en mode non destructif. On qualifie ce mode de fonctionnement de "non destructif" car le fichier de projet créé dans After Effects ne contient que les informations de traitement des sources, sans aucune altération de celles-ci. Pour calculer l'animation finale, il faut donc disposer d'une part du fichier de projet After Effects, d'autre part des sources intactes (images fixes ou métrage vidéo). On peut aussi réaliser des créations directement dans After Effects, sans sources préexistantes. Dans ce cas le fichier projet se suffit à lui-même. Dans tous les cas, pour obtenir le résultat final, et produire un nouveau fichier vidéo par exemple, il faut passer par une phase de calcul d'une durée variable selon la complexité de la création. Contrairement à un logiciel de montage, After Effects ne propose pas de visualisation en temps réel. Chaque phase de pré-visualisation est précédée d'une phase de calcul en RAM. Un logiciel de montage travaille à l'horizontal. Son objectif est de se concentrer sur l'enchainement des plans et le rythme. Il possède des pistes vidéo en nombre limité dans lesquelles viennent se placer les rushes les uns à la suite des autres. L'objectif d'After Effects est de permettre l'empilement des sources les unes au-dessus des autres, avec une piste de calque par source et sans limitation du nombre de piste. Quand un logiciel de montage est à l'aise à horizontal, il l'est beaucoup moins en empilement vertical : c'est exactement le contraire d'After Effects qui sera sans limite de puissance pour le montage à la verticale mais peu pratique à utiliser pour le montage classique à l'horizontale, lequel exigera un temps de calcul du rendu final.